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大進國小前身為日據時代"花蓮港製糖株式會社大和製糖工廠"於民國 13 年附設專收日籍兒童就讀之學校名曰「大和尋常高等小學校」。
民國 34 年臺灣光復，日人遣送回國後隨即停辦關閉。台糖公司花蓮糖廠復工後，於民國 42 年 9 月聘請趙景周先生為校長，在原址創辦本校，定名為「大進代用國民學校」。僅收糖廠員工直系子女，實施聘任制，編制和福利均較公立學校為優。因教師教學認真，社區關心，學生表現優異，頗富盛名。
民國 57 年 9 月政府延長國民義務教育為九年，臺糖公司隸屬代用小學均歸地方政府接辦，校名改稱"花蓮縣大進國民小學"，校長仍委派趙校長繼任，劃定大安、大進二村為學區招收學生，從此所有編制、人事、經費等制度與公立小學一致。
首任校長趙景周先生自受聘創校民國 42 年 9 月起至民國 67 年 2 月 1 日屆齡退休止，服務本校 24 年 5 個月，按著校務由教務主任葉建立代理至 67 年 8 月，代理期間有半年之久。
次任校長劉瑞焜先生於民國 67 年 8 月奉令接掌起，到民國 74 年 8 月 1 日奉令退休，服務本校 7 年整。
第三任校長黃長明先生於民國 74 年 9 月到職， 85 年 2 月 1 日屆齡退休，服務本校 10 年 5 個月。
緊接著陳仁聰校長於民國 85 年 3 月到職後，積極爭取硬體建設並兼顧軟體設備發展，認真辦學，全力以赴，深獲家長及社區肯定。
本校自民國 54 年起開始辦理學生營養午餐工作。至今已有 30 餘年之經歷。並於 86 學年度起開辦集中式午餐供應作業，供應大全、大興、西富、大富以及本校全體師生，以嘉惠偏遠地區孩童們都能享受營養午餐的便利，深獲所有社區家長們的讚賞與支持。
本校原陳舊逾齡木造瓦頂教室 9 間及附建物，至民國 82 年 3 月全部拆除重建竣工。一排水泥頂 I4 又 2/3 間教室、川堂 1 間、樓梯 2 座、午餐升降機一座、南北兩端廁所 2 間建設、共分 4 期 6 年完成。而南北向新建教室、廚房、消防、跑道、樓梯、給水等 6 項工程，亦如期於 84 年 8 月竣工完成。緊接著又規劃辦理 85,86,87 年度整建國教與教育優先區計劃。於 87 年 6 月興建完成風雨教室工程，而午餐供應中心已於 87 年 7 月如期發包完成,於 87 年年底竣工使用。巍巍黌宇，煥然一新，提供了學生們最快樂的學習樂園。
校園內老樟樹 17 棵、老榕樹 1 棵、麵包樹 1 棵，蔥鬱聳然係日據時代創校或光復後復校紀念所植，已近百齡至為珍貴。均經丈測維護，樟香榕蔭、蔥蔥滿庭芳。蔚為本校景觀特色。
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